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A história de Miracema começa com os garimpos que atraíam imigrantes para o Norte de Goiás, no início do século XX, passando pela exploração da cana-de-açúcar e a navegação fluvial. Em 1929 chegaram os primeiros habitantes, se fixando no local devido à beleza da paisagem.

A região foi denominada Xerente e Bela Vista. Em 1948 o distrito foi desmembrado de Araguacema, com a denominação de Miracema do Norte.

Em 1988, com o desmembramento do Estado de Goiás, originando o Tocantins, Miracema do Norte, hoje Miracema do Tocantins, foi escolhida para sediar a capital provisória do Estado, por ato do presidente da República. Permaneceu nesta condição no período de 1º de janeiro de 1989 até 31 de dezembro do mesmo ano, quando foi instalada, em Palmas, a capital definitiva.